灭鼠时机的选择，不但要考虑鼠害和灭鼠效果，还要考虑主要鼠种的生态特点和某些鼠传疾病的流行季节，同时还得顾及生产和社会因素，一般须注意以下五个方面:
        (一)年度鼠情
        许多鼠种的数量是不很稳定的，不同年度密度差异较大。某年如果发现鼠密度较高，鼠害严重时，必须开展大面积突击灭鼠，尽快降低鼠密度，达到控制鼠害的目的。
        (二)鼠类季节消长
        不同季节，鼠类的生存环境不一样，其密度也必然不同，不同地区不同鼠种的繁殖季节高峰不一样，投放毒饵在鼠饵应在繁殖高峰前，尚未造成严重危害时进行。由于我国农、牧、林区害鼠种类多，鼠类种群数量季节消长曲线多为单峰型，即一般一年一次繁殖数量高峰。南方鼠类数量季节消长则以双峰型为主，即一年中有两次繁殖数量高峰，还有的出现3次高峰。选择投放毒饵时机，要根据各地的优势鼠种生活规律，在其繁殖高峰前确定有利时机进行投放毒饵。
        (三)气候变化
        应用毒饵杀灭野栖鼠，必须充分考虑天气情况，否则，雨水淋湿或冲走毒饵，影响毒饵适口性或老鼠吃不到药物，灭鼠效果不好。家栖鼠主要在室内及其附近的地方活动，室内投饵受气候影响很小，但室外会受雨水的影响，因此最好选择晴天灭鼠为好。
         (四)灭鼠防病
        当某地出现鼠传疾病流行或爆发时，必须在疫区采取紧急灭鼠措施;或者某些鼠传疾病疫区，在传染病发病高峰季节之前灭鼠，可有效预防控制疾病的发生或流行。如湖北省防制出血热疾病，根据鼠类繁殖高峰及出血热疾病流行季节，灭鼠时机应选择在每年三月和九月。三月是鼠的繁殖春季高峰，灭鼠后能降低全年繁殖基数，此时为出血热流行后期，灭鼠对降低带毒剩余密度大有好处，加之农田鼠粮非常缺乏，鼠易于接受毒饵，在这一时机灭鼠，同时能早期控制钩体病的传染源和保护早、中稻秋田种子禾穗不受损失;九月为鼠秋季数量高峰，晚稻成熟前，出血热鼠间流行及带毒高峰期，灭鼠能弱繁殖强度，杀灭大批带毒鼠，对保护晚稻及预防出血热流行十分重要。另外在大型水利工程库区蓄水前或者城市拆迁、铁路、公路建设等引起环境显著改变的项目，为防止鼠类迁移而造成的局部密度增高，可能引起鼠传疾病，工程开工前进行灭鼠对于预防鼠传疾病很有必要。
        (五)农作物的收获与耕种
         我国南方农田一年必须进行两次全面灭鼠和一次局部补充灭鼠，才能有效地控制水稻田的鼠害。一般早稻田灭鼠时间宜选择2月份，春播作物和各种作物少的沿海低沙地区早稻田灭鼠可选择在浸春时进行。晚稻田灭鼠宜选择在8月份进行。
        由于各地地理气候特点不一样，鼠种也不同，具体灭鼠时机各异。如北方华北旱作区防制大仓鼠、黑线仓鼠一般在4月和7月;防制黄鼠，一般在4月下旬和9月下旬;鼠的繁殖期限随栖息环境的海拔高度而异，高原酚鼠的繁殖比较集中于4 ～5月份，而晋西地区中华鼢鼠的繁殖期比高原鼢鼠早半个月左右，陕北地区的甘肃鼢鼠的繁殖从2月开始延续到7月中旬，在陕西或晋中地区防制鼢鼠、要早于青藏高原地区。黑线姬鼠在长江中游一带有两次繁殖高峰分别在4月和8 ～9月，防制适期为3月中旬～4月中旬和8 ～9月繁殖高峰前。但在山东，黑线姬鼠的繁殖高峰出现在4月和7月，春季灭鼠适期与长江中游灭鼠投饵时机相同，秋季灭鼠则应提前到夏季。
        虽然各种老鼠的繁殖情况不相同，但一般在春季都有一个繁殖高峰，因此冬末春初正值害鼠繁殖高蜂前，又恰是田间食物缺乏及农闲季节，是灭鼠的有利时机。须要一年两次灭鼠的地方，第二次灭鼠选择什么时间，就需要因地制宜了。
两次灭鼠的间隔时间，不宜过近。因为反复多次灭鼠，会引起鼠类拒食。一般应间隔3 ～4个月为宜。