有害生物综合防制程序包括6个步骤：沟通、检查、有害生物和毁坏程度鉴别、有害生物综合防制策略应用、通过监测进行效果评估、改善公共卫生和环境。
一、沟 通
与客户沟通是有害生物治理工作正常进行的第一步，它是十分重要的。有害生物综合治理的成功很大程度上需要客户的参与。要向客户询问他们是否看到过有害生物的活动，了解清楚在哪里和在什么时间，并请客户对有关活动作出描述。在为商业客户的服务中，要和客户的不同职员进行交谈。尽可能地请客户保留他们捕到或打死的有害生物。如果在家居中，与小孩也要交谈，他们通常比他们的父母更多地了解有害生物活动的场所。
在沟通中还必须说服客户，应当用足够的时间去执行制定的措施、铲除酿成灾害的条件，治理是会有成效的。客户需要参与进来以改善公共卫生、修缮建筑物和监测害物。他们也必须懂得看见虫子时不能随便用杀虫剂去除灭，那将影响治理的效果。
二、检查
检查要有序、有组织地进行，检查的范围应该包括建筑物内外结构的各个部位，并尽可能地包括屋顶、阁楼、宠物间、供暖设备和空调等。检查的项目包括：湿度；受损的屏风、门和墙；杂物间，包括垃圾箱的位置；日用品，尤其是食物的准备、食用、储藏的地点；植物和种植地点等。
有害生物防制人员要细致地查找有害生物存在的小环境，要全方位地检查建筑和房间，包括他站立位置的上面、下面和各个侧面。关于有害生物的生物学和习性的知识能提高检查者的技能。从有害生物的角度思考问题，能使检查者容易发现有害生物存在的迹象(图2—1)。
使用合适的工具对整个建筑进行检查将使工作变得便利。检查工具包括亮度强的手电筒(带有备用电池)；小瓶，用来装标本运送到专业部门鉴定；镊子或卷尺，用来收集标本或证据；纸和笔，用来记录发现物和绘图，表明在建筑物的哪些部位存在问题；手持式放大镜、便携式小显微镜、锥子、改锥、螺丝刀、刀子和小锤子；粘捕器，用于可疑地点的监测；手套、防护帽、护膝和湿度计。检查时可选择能有所帮助的设备，在必要时还包括听诊器或电子监听装置、照相机(记录有问题的区域)和管道窥镜(察看墙壁内空心处)。
室内植物的覆盖物和盆土应被检查，它们可能是诸如螨、跳虫、蚊、蟑螂和蚂蚁等害虫的来源。
三、有害生物和毁坏程度鉴别
一旦检查完成并收集到必要的信息时，有害生物治理人员必须鉴别出是什么有害物在为害，通过准确的鉴别能制定出正确的治理策略，正确的治理策略将有效地对有害生物进行治理。