在交通工具中，旅客列车和轮船上的老鼠最多，可长期存在，而飞机、汽车只能对老鼠起运载作用，老鼠不能久留。从绝对数量来看，交通工具上的老鼠并不算多，但其危害不仅是损坏货物造成经济损失，并可造成某些人鼠共患疾病的发生和传播，常以轮船、列车和染鼠货物为媒介从甲地传播到乙地，造成国际、洲际间的传递。防止通过交通工具中的货物夹带老鼠，主要选用坚固、紧密，不容易被老鼠啃咬坏的包装材料，以及在装运过程中注意防止老鼠藏匿在货物里。另外，老鼠也可以通过攀爬方式登上结构比较复杂、有食物来源的交通工具上。旅客列车及客轮结构比较复杂，它们间隔有夹层、顶棚、角落、管道，杂物较多，车船上的厨房、餐厅、储藏室、小卖店、货舱及宿舱等处的条件很符合鼠类的生态学特点。老鼠栖息生存条件适宜，常通过各种管道、线路或咬穿车厢角落的缝隙钻入夹层并窜到其他车厢、船舱里。由此可见，消除列车、轮船上的鼠害，关键要从防鼠做起，阻隔老鼠进入夹层隐藏，做好各种管道、线路穿过板壁处的防鼠工作，增设防鼠挡板，板和墙的结合部要严密。另外加强餐车、轮船厨房、餐厅食物、垃圾的管理，及时清扫车厢和船舱，开展车站、码头灭鼠和防鼠工作也是重要措施。
如飞机和轮船密闭舱内可采用二氧化碳气体灭鼠的方法，安全可靠。