通过使用各种策略取得对有害生物的有效治理，这些防制策略因有害生物的位置和生存环境的变化而改变。综合治理的成功决策基于收集的数据，通常还涉及到客户，与客户保持良好持续的沟通是很有必要的。一般而言，有害生物综合防制的原则为：
避免规律地或定期地使用农药。
治理导致为害的环境条件。
寻找并消除栖息地、食物和水。
使用创新和富有想象力的方法治理有害生物的危害。
为了消除可能的进入途径查找和修理建筑物的缺陷。
鼓励在人们工作和生活的建筑物内改善公共卫生。
依靠客户和有害生物治理专业人员的合作。
要求有害生物治理专业人员培训客户，让他们知道解决有害生物问题的方法。
与客户经常交流和对话。
大量的记录和监测。
有害生物综合防制降低了对农药的依赖，只有当有必要时才予以精确使用。选用不同的防制策略和获得长期的效果都需要客户的参与。为预防侵袭，应鼓励客户积极地监测有害生物、改善公共卫生、修理和保养物品。有害生物综合防制意味着预防有害物，它的目标是将有害生物挡在建筑物外，如今使用的工具使有害生物治理能很专业地达到此目标。
有害生物防治专业技术人员在综合防治过程中，还应不断总结、研究，发现使用一些新技术、新方法、新剂型。